De vlag is een duidelijke vertaling van het wapenschild van de gemeente Niel, dat vanouds heraldisch werd omschreven als : "drie palen (verticale balken) van keel (rood) op een gouden (geel) veld". Sedert de vorige eeuw is dit gemeentewapen dan nog "getopt" met de letter n. Dit laatste is volgens de regels van de wapenkunde niet correct.
In 1993 werd nog een vernieuwde officiële versie opgesteld : "In goud drie palen van keel. Het schild overtopt met een gotische letter n van goud."
De oorsprong van dit gemeentewapen gaat terug op het gemeentezegel van de voormalige Heerlijkheid Niel, dat door de toenmalige schepenen werd gebruikt om hun akten letterlijk te bezegelen.
Dit gemeentezegel is identiek aan het schepenzegel van de stad Mechelen uit de 13e eeuw. Niel maakte toen immers deel uit van de Heerlijkheid Mechelen. Deze stad bekwam haar stadszegel rechtstreeks van haar Heren, namelijk de Berthouts van Grimbergen, een vooraanstaande ridderfamilie.
De familie Berthout en hun voorvaderen hadden door een "geopolitieke" en economische strategie na de aftocht van de Noormannen, onder andere het grondgebied van Niel en Hellegat vastgeklonken aan de Stad en Heerlijkheid Mechelen.
Omwille van de fijne klei hier gevonden en uitermate geschikt voor de fabricatie van dakpannen - toen nog tichelen genoemd - diende Niel de politieke én economische belangen van de stad "Mechelen én bijgevolg van de Berthouts zelf.
De Nielse vlag bestaat uit de kleuren rood en geel met de karakteristieke n op de eerste rode baan. De vlaggen zijn ontworpen uit 3-draads polyester en hebben een afmeting van 70 x 100cm.